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Coronavirus: aggiornamenti per la comunità universitaria / Coronavirus: updates for UniTo Community

Raffaele Adolfo Prof. Calogero

Prof. Raffaele A. Calogero is the IP Group Bioinformatics and Genomics (B & Gu). B&Gu is an interdisciplinary team made up of biologists and bioinformaticians. The main task of the group is the identification of new biomarkers for better stratification of oncological diseases. The search for biomarkers is done mainly using second generation sequencing technologies applied to transcriptome, genome and miRnome.

In particular our group is characterizing the entire transcriptome of circulating exosomes in the plasma of patients with ALL, CLL, MBL, AML, MDS, MPN as well as in patients with lung cancer. We are also actively engaged in the validation and optimization of RNAseq workflows and in the development of new pipelines for the integrated analysis of genome and transcriptome data in the study of resistance to chemotherapeutics. In short, we are collecting data exome-seq, mRNA/miRNA- seq, MeDIP-seq from CLL/AML samples before chemotherapy is that the resistant clones that developed as a result of chemotherapy. Methylation, SNP, Indel, chimeric proteins, truncated proteins, eQTL, mRNA editing, open circuits mRNA/miRNA, are stored in a relational database. The data above are layered networks of protein-protein interaction, functional pathways and drug targets. The data are then modeled for the identification of specific pathways of the resistance to draw new treatment protocols able to attack in a specific way the resistant

Il Prof. Raffaele A Calogero è il PI del gruppo  Bioinformatica e Genomica (B & Gu). B&Gu è un gruppo interdisciplinare costituito da biologi e bioinformatici. Il compito principale del gruppo è l'identificazione di nuovi biomarcatori per una migliore stratificazione di malattie oncologiche. La ricerca dei biomarcatori viene fatta utilizzando prevalentemente tecnonologie di sequenziamento di seconda generazione applicate a trascrittoma, miRnoma e genoma.

In particolare il nostro gruppo sta caratterizzando l'intero  trascrittoma di esosomi circolanti nel plasma di pazienti con CLL, MBL e AML. Inoltre siamo attivamente impegnati nella validazione ed ottimizzazione di workflow di RNAseq e nello sviluppo di nuove pipelines per l'analisi integrata di dati genomici e trascrittomici nello studio della resistenza a chemioterapici.

In breve, stiamo raccogliendo dati di exome-seq, mRNA/miRNA-seq, MeDIP-seq da CLL/AML sia prima della chemioterapia che sui cloni resistenti sviluppatisi come conseguenza del trattamento chemioterapico. Metilazione, SNP, Indel, proteine chimeriche, proteine tronche, eQTL,mRNA editing, interruzione dei circuiti mRNA/miRNA, vengono memorizzati in un database relazionale. I dati di cui sopra sono stratificati su reti di interazione proteina-proteina, pathways funzionali e bersagli farmacologici. I dati vengono poi modellati per l'identificazione di pathways specifici della resistenza e per disegnare protocolli di trattamento capaci di attaccare in modo specifico i cloni resistenti.

 

 

Last update: 17/05/2019 09:19
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